Lors de ses opérations de vente, le micro-entrepreneur doit indiquer sur les factures ou tout autre document en tenant lieu qu'il est susceptible de délivrer la mention : TVA non applicable, article 293 B du CGI. Dans ce cas, il acquitte la TVA sur les marchandises qu'il importe sans pouvoir la déduire, comme pour ses propres achats effectués en France.

Le micro-entrepreneur doit s'adresser au bureau de douane territorialement compétent afin de se faire enregistrer dans la base communautaire des opérateurs économiques EORI (Economic Operators Registration and Identification). Ce numéro est utilisé comme identifiant dans les relations avec les autorités douanières et pour accomplir les formalités douanières à l'importation.

Le montant des droits de douane est établi en fonction de l'espèce, de l'origine et de la valeur des biens importés.

Lors de l’importation de marchandises, le micro-entrepreneur est redevable de la TVA mais aussi, éventuellement, des taxes ou des cotisations qui lui sont assimilées.